Первая половина 90-х гг. стала сложнейшим периодом для всей страны. Кризис не обошёл стороной и Челябинск. Банкротство предприятий, невыплата зарплат, недофинансирование социальных программ. Только со второй половины десятилетия проводимые реформы начали давать свои плоды: в Челябинске заработала промышленность, стали увеличиваться поступления в бюджет, постепенно начали расти доходы горожан, что повлекло за собой увеличение рождаемости. Многие комбинаты и заводы вышли на мировой рынок. По уровню телефонизации Челябинск попал в первую пятерку среди крупных городов страны, активно развивалась сотовая связь, интернет. Накануне 260-летия Челябинска состоялось открытие зоопарка, а к 2004 г. была построена пешеходная улица Кировка, ставшая любимым местом прогулок челябинцев и гостей города.
Во второй половине 2000-х гг. в Челябинске началась полномасштабная реконструкция и расширение дорог, строительство современных транспортных развязок. В 2008 г. город сдал рекордное количество жилья за всю свою историю — 880 тысяч квадратных метров.